南京的二本院校主要有南京醫科大學、南京中醫藥大學、南京財經大學、南京工程學院、南京審計學院、江蘇警官學院、南京藝術學院、江蘇第二師范學院、南京曉莊學院、南京大學金陵學院、東南大學成賢學院、南京特殊教育師范學院、南京航空航天大學金城學院、南京體育學院、南京工業大學浦江學院、南京師范大學泰州學院、南京醫科大學康達學院、南京理工大學紫金學院、南京郵電大學通達學院、南京理工大學泰州科技學院、南京工業大學、南京郵電大學、南京林業大學等。

材料補充：

一本院校、二本院校、三本院校的區別：

1、一本院校、二本院校、三本院校是指中國高考錄取招生的時候，錄取批次和錄取順序分別在本科層次第一批次招生、第二批次招生、第三批次招生的學校。主要區別有辦學范疇不同、錄取批次不同、學費不同。

2、本科第一批（俗稱一本），是指在中國高考錄取招生的時候在本科層次第一批次招生的學校，錄取線一般要達到本一線。

3、本科第二批（俗稱二本），是指在中國高考錄取招生的時候在本科層次第二批次招生的學校，錄取線一般要達到本二線。

4、本科第三批（俗稱三本），是指在中國高考錄取招生的時候在本科層次第二批次招生的學校。

5、三本院校與一、二本院校都是屬于“普通高等學校”教育系列，學制為4年，畢業證書和學位證書都是相同的“普通高等學校”教育證書。