同濟大學醫(yī)學院由基礎醫(yī)學、臨床醫(yī)學、預防醫(yī)學、護理學、生物醫(yī)學工程等院系及同濟大學醫(yī)院管理處所組成?，F(xiàn)有附屬第十人民醫(yī)院、附屬同濟醫(yī)院、附屬東方醫(yī)院、附屬肺科醫(yī)院和附屬第一婦嬰保健院等5家三級甲等附屬醫(yī)院，總床位數(shù)5000余張。擁有1個國家教育部重點實驗室（心臟疾病基礎研究方向），8個國家臨床重點?？疲ㄐ赝饪啤⑾瘍瓤啤a(chǎn)科、職業(yè)病科、呼吸科、中醫(yī)科、急診醫(yī)學和臨床護理專業(yè)），以及一批上海市重點學（專）科和臨床醫(yī)學中心。此外，同濟大學附屬楊浦中心醫(yī)院（籌），同濟大學附屬養(yǎng)志康復醫(yī)院（籌）等兩家醫(yī)院已經(jīng)掛牌。
醫(yī)學院現(xiàn)有臨床醫(yī)學和生物醫(yī)學工程兩大一級學科博士點，建有博士后流動站2個，同時是臨床醫(yī)學博士專業(yè)學位授權單位。此外還擁有基礎醫(yī)學、預防醫(yī)學、藥學等一級學科等碩士點5個和制藥專業(yè)碩士點。主要承擔臨床醫(yī)學專業(yè)五年制、七年制、八年制、MBBS國際留學生和研究生培養(yǎng)。醫(yī)學院走精品發(fā)展之路，每年招收臨床醫(yī)學本科生150名（包括五年制、七年制、八年制）、MBBS國際留學生班30名以及碩士和博士研究生約400名。 醫(yī)學院及附屬醫(yī)院現(xiàn)有教師系列高級職稱的在職人員共271名，博士生導師143名。擁有中科院院士1人、中組部千人計劃3人、973計劃和重大科研計劃項目首席科學家4人（5項）、一個國家創(chuàng)新研究群體和多名長江學者和國家杰出青年基金獲得者。建有以課題組長（PI）為核心的新型學術管理體制，引進和培養(yǎng)了一大批優(yōu)秀人才，聚焦“干細胞”、“免疫學”、“腫瘤”、“老年病”和“中醫(yī)”五大領域開展轉化醫(yī)學研究。尤其是在“干細胞/再生醫(yī)學”領域獲得國家973和重大專項多項資助，建有國家（華東）干細胞庫和中美干細胞研究中心。2012年醫(yī)學院新增國家自然科學基金項目149項，各類科研經(jīng)費近2億。近年來先后在《Science》、《Nature Immunology》、《Am J Hum Genet》等刊物上發(fā)表多篇重要學術論文，獲得了包括國家自然科學二等獎、國家科技進步二等獎、教育部自然科學一等獎、上海市自然科學一等獎、上海市自然科學牡丹獎、中華醫(yī)學科技成果一等獎等在內的一批科研成果。
醫(yī)學院建立了以“5+3”卓越醫(yī)師培養(yǎng)為主體、以拔尖創(chuàng)新醫(yī)學人才培養(yǎng)為突破的臨床醫(yī)學專業(yè)人才培養(yǎng)體系。秉承精英化醫(yī)學教育的理念，充分利用同濟大學學科門類齊全、理工文法實力雄厚的特點，突出臨床實踐技能和人文服務精神的教學特色，強化“知識、能力、人格”全面發(fā)展，注重崇高職業(yè)素養(yǎng)、寬厚基礎知識和扎實專業(yè)技能的培養(yǎng)。利用長期對外合作辦學的優(yōu)勢，與海內外多所著名的醫(yī)學院校簽訂長期合作交流協(xié)議，吸引、選拔大批優(yōu)秀學生開展校際交流，努力培養(yǎng)具有社會責任感、自主學習能力、創(chuàng)新能力和國際競爭力的醫(yī)學專業(yè)人才。